Die Schiffahrt auf der Ems, die seit dem frühen Mittelalter überliefert ist, begann in jener Zeit in Greven, 19 km nördlich von Münster, deren Kaufleute den Strom als Verkehrsweg nutzten. Kalkfelsen bei Rheine und Schieferbänke bei Bentlage zwangen die Schiffer dazu, die Waren umzuladen. Der typische Frachtkahn der Ems war die Emspünte, die bei einer Länge zwischen 18 und 26 m und einer Breite von 4,5 bis 5 m bis zu 100 t Tragfähigkeit besaß.

Wie die meisten Wasserstraßen, so war auch die Entwicklung der Ems im 19.Jahrhundert von den Beschlüssen des Wiener Kongresses betroffen, zumal ein Teil des Stroms auf preußischem Territorium lag. Ein anderer Teil, unterhalb von Rheine, unterstand der Hannoverschen Verwaltung. Beide Staaten verpflichteten sich, die Ems für die Schiffahrt auszubauen: Hannover regulierte die Ems bis 1835 von der Mündung bis Meppen mit Buhnen und baute in der gleichen Zeit von 1824 bis 1828 den Ems-Hase-Kanal. Dieser auch unter dem Namen Haneken-Kanal bekannte Kanal war 16 m breit und 1,5 m tief und besaß vier Schleusen, wovon die untersten zwei als Koppelschleuse ausgeführt wurden, um den Abstieg zur Hase zu ermöglichen. Im Anschluß daran entstand oberhalb von Hanekenfähr die Staustufe Listrup mit einer Schleuse von 29 m x 5,90 m.

Preußen baute auf seinem Abschnitt 1840/41 die Staustufe Bentlage mit einer Schleuse 26 m x 5,80 m, im Anschluß daran eine Schleuse mit gleichen Abmessungen bei Rheine. Ein Seitenkanal von einem Kilometer unterhalb der Schleuse umging die Felsenstrecke der Ems, die über eine zweite Schleuse mit dem Kanal erreicht wurde.

1866 kam die Ems in ganzer Länge zu Preußen und wurde Bestandteil der preußischen Wasserverkehrsplanung und wurde in den Bau des Dortmund-Ems-Kanals einbezogen, der von Gleesen bis zum Dollart über weite Strecken dem Strom folgt, der sich auf diese Weise zur Großschiffahrtsstraße entwickelte. Oberhalb der Einmündung des Dortmund-Ems-Kanals büßte die Ems dagegen ihre Bedeutung ein. Sie wird nur noch von der Sportschiffahrt genutzt. Alte Schleusenanlagen vermitteln einen Eindruck vom Wasserbaus und der damit verbundenen Architektur des 19.Jahrhunderts.

Entsprechend der unterschiedlichen Nutzung der Ems und Seeschiffahrt unterscheidet man zwischen der Oberems, die von Gleesen bis zur Seeschleuse Papenburg eine reine Binnenwasserstraße ist. Die Unterems ist hingegen von Papenburg bis in die Nordsee eine Seewasserstraße. Der alte Schifferort Haren an der Ems war lange Zeit (und ist es noch in geringerem Maß) ein wichtiger Standort für die Küstenschiffahrt. Auch der Seeverkehr unterhalb von Papenburg bis nach Emden beschränkt sich weitgehend auf den Verkehr von und nach der Papenburger Meyer-Werft.

De scheepvaart op de Eems, die sinds de vroege Middeleeuwen is gedocumenteerd, begon in deze tijden in Greven, 19 km ten noorden van Münster, waar kooplieden de stroom als verkeersweg gebruikten. Kalkrotsen bij Rheine en leisteenbanken bij Bentlage dwongen schippers hun goederen te over te slagen. De typische vrachtboot op de Eems was de Emspünte, met een lengte tussen 18 en 26 m, een breedte van 4,5 tot 5 m en een draagkracht tot 100 t.

Zoals de meeste waterstraten was ook de ontwikkeling van de Eems in de 19de eeuw getroffen door de besluiten van het Congres van Wenen, te meer daar een gedeelte van de stroom op Pruisisch territorium lag. Een ander gedeelte, onder Rheine, viel onder het bestuur van Hannover. Beide staten verplichtten zich de Eems te vergroten voor de scheepvaart: tot 1835 reguleerde Hannover de Eems van de monding tot Meppen door middel van kribben en bouwde in dezelfde tijd, van 1824 tot 1828, het Eems-Hase- kanaal. Dit ook onder de naam Haneken-Kanal bekende kanaal was 16 m breed en 1,5 m diep, en bezat vier sluizen, waarvan de onderste twee werden uitgevoerd als koppelsluizen om de afdaling naar de Hase mogelijk te maken. Vervolgens ontstond boven Hanekenfähr de stuwtrap Listrup met een sluis van 29 m x 5,50 m.

Pruisen bouwde op zijn gedeelte in 1840/41 de stuwtrap Bentlage met een sluis van 26 m x 5,80 m, en vervolgens een sluis met dezelfde afmetingen bij Rheine. Een zijkanaal van een kilometer lengte beneden de sluis omging de rotsen in de Eems, die via een tweede sluis met het kanaal werd verbonden.

In 1866 viel de Eems over de gehele lengte onder beheer van Pruisen en werd deel van het Pruisische waterverkeersplanning. De Eems werd betrokken in de bouw van het Dortmund-Eems-kanaal, dat van Gleesen tot aan de Dollart over lange gedeelten de stroom volgt, die zich zo tot een waterweg voor de grote scheepvaart ontwikkelde. Het wordt nu alleen nog voor de sportscheepvaart gebruikt. De oude sluizen geven een indruk van de waterbouw en de daarme verbonden architectuur van de 19de eeuw.

Overeenkomstig het verschillend gebruik van de Eems onderscheidt men de Boven-Eems, die van Gleesen tot Papenburg een waterweg alleen voor de binnenvaart is. Daarentegen is de Onder-Eems van Papenburg tot aan de Noordzee een zeewaterstraat. De oude schippersplaats Haren an der Ems was lange tijd (en is nu nog in mindere mate) een belangrijk thuishaven voor kustschepen. Even zo bestaat het zeeverkeer boven Emden tot aan Papenburg voornamelijk uit het transport van nieuwe schepen van de aldaar gevestigde Meyer werf naar zee.