Het tracé van het kanaal volgens de plannen van 1865 werd naderhand nog gewijzigd. Mede met de bedoeling het stadje Vere een impuls tot opleving te geven, werd het kanaaltracé ter hoogte van Kleverskerke omgebogen naar Vere en werd het noordelijk deel van de oude Middelburgse haven, die niet door een sluis was afgesloten en daardoor van aanslibbing had te lijden, onbenut gelaten en afgedamd. Reeds is vermeld, dat ook de nieuwe uitmonding veel last ondervond van aanzanding en dat de verwachtingen ten aanzien van Vere evenmin werden vervuld.

De aanleg van het kanaal werd aangevangen op 28 mei 1867. De scheepvaart tussen Middelburg en Vere werd toegelaten op 9 september 1872 en op 1 april 1873 kon het kanaal door de oude Arne, naar Arnemuiden, in gebruik worden genomen. Op 8 september 1873 werd het kanaal feestelljk geopend.

Om aan de behoefte aan drinkwater op schepen te kunnen voldoen (er was destijds nog geen duinwaterleiding) werd tot bereiding van drinkwater uit zeewater in 1876 een distilleertoestel volgens het systeem van Dr. Normandy tussen de 1ste en 2de binnenhaven te Vlissingen in bedrijf gesteld.

Reeds zeer spoedig na de opening van het kanaal bleken de sluizen te Vlissingen en te Vere achter- en onderloops te zijn. Ook met de sluizen te Hansweert en Wemeldinge was dit het geval geweest. In het bijzonder hadden de sluizen te Vere van dit euvel, dat moeilijk te verhelpen bleek, te lijden, zodat zij aan generaties technici zorgen hebben gegeven. Bij de herstelling en de bouw van een nieuw buitenhoodd van de grote sluis te Vere na de Tweede Wereldoorlog bleek, dat ook de gribbel of limnoria lignorum en de paalworm danig huisgehouden hadden in de houten paalfunderingen en damwanden.

In de behoefte aan meerpalen langs de kanalen werd in de tachtiger jaren voorzien door het ingraven van oude kanonnen, die bij de Marinewerf te Amsterdam werden betrokken. Zij bewijzen hun deugdelijkheid nu nog.

Het kanaal is door middel van een verbindingskanaal in open gemeenschap gebracht met de voormalige marinesluis en scheepswerf te Vlissingen. In 1893 werd door het buitenhoofd van de marinesluis een dam gelegd. De werf was reeds in 1875 overgenomen door de Scheepsbouw en Werktuigenfabriek "De Schelde", later de N.V. Kon. Mij."De Schelde"

Het kanaal is van buitenhaven tot buitenhaven ruim 14,5 km lang. Het kreeg bij de aanleg zowel te Vlissingen als te Vere een grote en een kleine sluis van onderscheidenlijk 20 en 8 m dagwijdte. Ook bij dit kanaal, dat wat de breedte betreft ruimer was bemeten dan het Kanaal door Zuid-Beveland, werd rekening gehouden met zeeschepen. Het kanaal is op de bodem 18 m breed; de diepte varieert van 6,30 m tot 7,45 m beneden kanaalpeil en in het verbrede kanaal te Vlissingen van 7,35 tot 8,20 m beneden kanaalpeil. Het kanaalpeil is NAP +0,90 m.

Bij de aanleg verwachtte men een belangrijke toeneming van de welvaart op Walcheren. Het kanaal heeft echter betrekkelijk weinig scheepvaart getrokken en is van weinig meer dan regionaal belang. In de twintiger jaren werd een poging ondernomen de handelsfunctie van het kanaal nieuw leven in te blazen. Bij de wet van 25 juli 1919 (Stbl. 515) werd de uitvoering van een verbetering van de buitenhaven te Vlissingen, die tot nu toe een diepte had van NAP -8,50 m, voorgenomen, mits belanghebbenden f 900.000 (gemeente Vlissingen f 500.000 en de provincie Zeeland f 400.000) bijdroegen. De bodembreedte in de mond zou 200 m, de lengte 650 m en de diepte NAP -10 m worden, terwijl werd gerekend op de bouw van een kademuur van 650 m lengte in verband met plannen voor uitbreiding van de Stoomvaartmaatschappij "Zeeland", die een lijndienst van Vlissingen op Queensborough (Engeland) onderhield. In 1922 werd begonnen met deze werkzaamheden, welke in 1931 welden afgesloten. De bodemdiepte werd inmiddels gewijzigd in NAP -12 m in het voorste gedeelte en NAP -7,50 m achter in de haven, terwijl de bouw van de kademuur tot 350 m lengte werd beperkt in verband met een inmiddels ingetreden wijziging van de economische toestanden. Tevens werd van 1926 tot 1928 aan weerszijden van de rivier een aanleginrichting gebouwd voor veerboten met koplading voor het veer Vlissingen-Breskens. In 1958 is dit veel- belangrijk verbeterd door het bouwen van een grote aanleginrichting te Vlissingen en te Breskens. (in laatstvermelde plaats in een geheel nieuwe veerhaven) en de indienstneming van veerboten van ruim 100 m lengte. De havenwerken in de buiten- en in de beide binnenhavens werden in 1934. voor de duur van 75 jaren in gebruik gegeven aan de N.V. Haven van Vlissingen, terwijl het rijk op zich nam de waterwerken en de bodemdiepte te blijven onderhouden. De haven heeft o.a. een belangrijk bunkerstation voor olie.

Ten behoeve van de expansie van de werf van de N.V. Kon. Mij. "De Schelde", die aan de doorvaartbreedte van 20 m van de grote schutsluis onvoldoende had om zeeschepen van grotere afmeting te bouwen of te repareren, werd een keersluis ten zuiden van het sluizencomplex gebouwd. De doorvaart geschiedt na het sluiten van de reeds bij de kanaalaanleg gebouwde binnenkeer- en schutsluis (die het havengebied en het kanaal in dat geval scheidt) bij gelijk water binnen en buiten. Bij HW worden de puntdeuren van de grote keersluis weer gesloten. Na het aflaten van het water in de binnenhaven tot op kanaalpeil kan de binnenkeer- of schutsluis weer worden opengezet. De scheepvaart kan tijdens deze manoeuvre dus doorgang vinden, zij het onder beperkende bepalingen en met vertraging door de extra-sluis, die zij in een dergelijk geval moet passeren. De grote keersluis kwam gereed in 1930.

In de Tweede Wereldoorlog werden de kunstwerken in en over het kanaal en in de haven ernstig beschadigd of geheel vernield. De hoge kanaaldijken, bedoeld als tweede waterkering, verdeelden Walcheren bij de inundatie 1944 in twee afzonderlijke overstromingsgebieden en dienden als communicatiemiddel over land. Voor de lozing na de sluiting van de dijkring van het westelijke gedeelte van Walcheren werd mede gebruik gemaakt van het kanaal door het maken van een gat in de westelijke kanaaldijk tussen Middelburg en Vere. Alle havenwerken en de drie over het kanaal gelegen bruggen werden door middel van springladingen vernield. In het kanaal en de haven waren 137 binnenschepen en 2 zeeschepen tot zinken gebracht. De schutsluizen te Vlissingen werden onherstelbaar beschadigd; in 1954 kwam een geheel nieuw schutsluizencomplex gereed. In hetzelfde jaar werd de grote ophaalbrug over de binnenkeer- en schutsluis voltooid. Reeds eerder was een nieuwe draaibrug in Middelburg gelegd en was de smalle draaibrug tussen Oosten West-Souburg hersteld.

In 1964 werd het overzetveer bij de sluizen te Vere buiten gebruik gesteld. Het overzetveer ten zuiden van Middelburg bij Groite Abele was reeds in 1923 opgeheven.

In 1952 werd een nieuw buitenhoofd van de grote sluis te Vere voltooid, waarmede een einde kwam aan de ernstige gebreken van deze sluis. Deze verbouwing kon slechts plaats vinden, indien de lengte-as van het buitenhoofd 6 m oostelijk van de lengte-as van de sluis nterd gelegd. De grootst geoorloofde afmetingen van vaartuigen op het kanaal zijn: lengte 130 m, breedte 18,00 m, diepgang 5,50 m.. Voor het gebied ten zuiden van de binnenkeersluis te Vlissingen zijn deze afmetingen 140 m, 21,50 m en 7,90 bij een buitenwaterstand van tenminste NAP +0,90m.

[...]

Langs het kanaal bevinden zich te Middelburg een 600 m lange loskade en particuliere insteekhaventjes en loswallen bij het industrieterrein; te Souburg een 80 m lange openbare loswal aan de oostzijde van het kanaal en te Vlissingen een 210 m lange loswal, een jachthaven en twee ruim 400 m lange insteekhavens, waaraan zich enkele industrieen bevinden.

Aan het kanaal by Vlissingen bevindt zich de Centrale Zeeland met een 80 m lange loswal. Langs het kanaal zijn te Vlissingen, Souburg en Middelburg zwemscholen gevestigd, terwijl een belangrijk-deel van de Polder Walcheren zijn water uitslaat op het kanaal door het gemaal "Boreel".

De buiten- en binnenhaven te Vlissingen en het industrieterrein te Middelburg hebben spooraansluiting op de lijn Vlissingen-Rosendaal. Behalve de reeds vermelde werken bevinden zich achter in de buitenhaven een 250m lange steiger voor de Koninklijke Marine en een 120 m lange steiger, welke aan beide lange zijden ligplaats biedt voor binnenvaartuigen en coasters.

Op ruim 1 km ten noordoosten van Middelburg bevindt zich de zijtak van het kanaal door Walcheren: het kanaal door de Oude Arne met zijtakken naar Arnemuiden (2,9 km) en Nieuwland (3,2 km). De bodembreedte is 8 m bij een diepte van NAP -2,50m. De grootst geoorloofde afmetingen der vaartuigen zijn: lengte 50 m, breedte 7,50 m en diepgang 3 m. Aan het einde van de kanaalarmen bevinden zich korte loswallen. Het Arnekanaal is in beheer bij het rijk en is alleen van plaatselijk belang, hoofdzakelijk voor afvoer van agrarische produkten en voor de vissersschepen van Colijnsplaat, die de thuishaven bezoeken.