Im ausgehenden Mittelalter wurde die Saale für den Gütertransport genutzt, der vor allem der Klosterwirtschaft diente. Im 16.Jahrhundert entstanden erste Kammerschleusen bei Bernburg und Alsleben (1560) und Calbe (1564). In dieser Zeit beschränkte sich der Verkehr oberhalb von Halle auf die Flößerei. Anfang des 17.Jahrhunderts fahren die Schiffe, bedingt durch die Schiffahrt auf der Unstrut, bis nach Naumburg.

Nachdem das Erzbistum Magdeburg im Westfälischen Frieden Brandenburg zugesprochen worden war, begann 1694 mit einiger Verzögerung eine große Ausbauphase. Dem Bau der Schleuse Trotha folgten weitere bei Gimritz, Wettin, Rothenburg, Alsleben, Bernburg und Calbe. Um die kursächsiche Enklave an der Untersaale zu umgehen, plante man einen Umgehungskanal von Calbe zur Elbe bei Frohse. Die Arbeiten wurden 1725 aufgenommen, aber nach fünf Jahren wieder eingestellt.

Auch auf sächsischer Seite blieb man nicht untätig. Zwischen 1791  und 1795 entstanden auf der Unstrut von Bretleben bis zur Saalemündung zwölf, auf der Saale bis Weißenfels zwei Schleusen von 49m x 5,6m. Die 89 Kilometer lange Strecke blieb bis 1815 dem kursächsischen Binnenverkehr vorbehalten. Dann ging die Saale ganz an das Königreich Preußen, das zwischen 1816 und 1822 mit den neuen Staustufen Halle, Böllberg, Planena, Meuschau, Merseburg, Dürrenberg und Weißenfels und durch zusätzliche wasserbauliche Maßnahmen unterhalb von Halle für eine durchgehende Schiffbarkeit für Schiffe bis 125 t bergwärts bis Weißenfels sorgte.

Nachdem in den Jahren 1885 bis 1890 die Schleusen Bernburg, Alsleben und Calbe erneuert worden waren, widmete man sich der Saale erst wieder 1933 im Zusammenhang mit dem sogenannten Südflügel des Mittellandkanals, worunter man die Verbindung von der Elbe über die Saale bis Kreypau und den anschließenden Elster-Saale-Kanal nach Leipzig verstand.

Mit diesem Projekt waren weitergehende Eingriffe, wie Durchstiche, Vertiefungen und Schleusenneubauten für  1000-t-Fahrzeuge mit den Abmessungen 80m x 9,20m x 2m verbunden. Aufgrund der besonderen Gegebenheiten plante man die Schleppzugschleusen in die Breite statt in die Länge, um ausreichend Platz für die Vorkanäle zu haben. Die Arbeiten wurden rasch aufgenommen, mußten aber kriegsbedingt eingestellt werden, nachdem die Schleusen Bernburg und Rothenburg (1938), Alsleben (1939) und Calbe (1940) fertiggestellt worden waren und die Vorarbeiten, für den Kanal wie z.B. Brücken- und Schleusenbauten und der Leipziger Hafen fortgeschritten waren.

Die Anbindung Leipzigs an das Wasserstraßennetz wird vermutlich noch einige Zeit auf sich warten lassen. Der Bundesverkehrswegeplan von 1992 sah lediglich den Ausbau der Saale von der Elbe bis Halle-Trotha vor. Heute kann die Saale bis Halle-Trotha von Schiffen bis zu 80m Länge und 8,25m Breite, oberhalb der Schleuse Halle-Trotha von Fahrzeugen bis 51m x 6,00m befahren werden.