Man unterscheidet zwischen der Oberen Havel, die von ihrem Ursprung bis zur Einmündung der Spree - dem größten und ebenfalls schiffbaren Nebenfluß - reicht und von Fürstenberg bis Spandau schiffbar ist, und der Großwasserstraße der Unteren Havel, die Berlin mit der Elbe und dem Meer verbindet.

Wie fast gewöhnlich gibt es vereinzelte frühe, in diesem Fall mittelalterliche Zeugnisse, für Schiffahrt auf dem Gewässer und solche aus dem Spätmittelalter, die den eigentlichen Beginn der Geschichte darstellen. Seit dem 13.Jahrhundert beginnt der Bau von Wassermühlen, die eine frühe Form der Staustufe bilden und Flutrinnen aufweisen, um die Schiffahrt und das Hochwasser durchzulassen.

Erste regelrechte Kammerschleusen, die diese Schiffsgassen ersetzen, entstehen im 16.Jahrhundert bei Rathenow und Brandenburg (1548) und Spandau (1572). Die weitere Entwicklung der Unteren Havel ist insbesondere für die brandenburgischen, später preußischen Verhältnisse erstaunlich unspektakulär, wenn man bedenkt, zu welchen Höhenflügen die Bauherren und Techniker fähig waren, sobald ein Fluß unter die Zuständigkeit der preußischen Wasserbauverwaltung fiel. Größere Maßnahmen bildeten die Verlegung der Havelmündung um 1,5 km talwärts; eine Maßnahme, mit der man die Rückstauhöhe des Elbhochwassers senkte, so wie der Bau des Sacrow-Paretzer-Kanals (1974-76), der die Strecke von Berlin nach der Elbe um 13,5 Kilometer verkürzte. 1881 bis 1883 entstand dann noch eine neue Schleuse bei Brandenburg einer Länge von 67 Metern und einer Breite von 16,60 Metern (mit einer Durchfahrtsweite von 8,40m) und eine zweite Schleuse bei Rathenow (220m x 15m, bei einer Durchfahrtsweite von 9,60m) 1898 bis 1901.

Als Folge eines großen Hochwassers 1888 wurden zwischen 1909 und 1912 drei Durchstiche vorgenommen, mit Staustufen und Schleusen von 215m x 23m (Torweite 10m) bei Bahnitz, Grütz und Garz mit Nadel- und Schützenwehren und Kahnschleusen in Bahnitz und Grütz für kleinere Wirtschaftsfahrzeuge. Mit dem gleichen Ziel der Hochwasserregulierung bei gleichzeitiger Erhöhung der Schleusenkapazität entstand in den Jahren 1906 bis 1910 neben der alten Brandenburger Vorstadtschleuse eine zweite Schleppzugschleuse mit den Maßen 220m x 17,5m (Torweite 10m). Diese Maßnahme schloß die Errichtung eines Flutwehrs (der Stimmingsarche) und eines Kanals (Silokanal) ein, der eine Abkürzung der Brandenburgischen Stadtdurchfahrt um zweieinhalb Kilometer erbrachte.

Noch zwei Mal wurden die Bedingungen auf der Havel verbessert: vor dem Zweiten Weltkrieg zwischen 1933 und 1936 durch die Vergrößerung des Flußquerschnitts und die Anlage eines 2500 Meter langen Durchstichkanals zur Elbe mit einer Schleppzugschleuse (225m x 20m, Torweite 12m). Ein weiteres Mal zwischen 1963 und 1971 durch die Verbreiterung des Silokanals und die Erneuerung der Brandenburger Vorstadtschleuse mit Spundwänden und den Abmessungen 170m x 12m.

Da die Havel ein wichtiges Glied der Ost-West-Verbindung zwischen den deutschen und niederländischen Nordseehäfen und den östlichen Wasserstraßen, bzw. der Ostsee ist, wird sie vermutlich auch weiterhin in künftigen Ausbauplänen berücksichtigt werden.