Wie auf den meisten deutschen Flüssen geht auch hier die (schriftliche Dokumentation der) Schiffahrt bis ins Mittelalter zurück. Im achten Jahrhundert und für einige Zeit danach waren es vor allem die Klöster, die ihren Güterverkehr auf dem Wasser abwickelten. Ebenso beginnt der zweite Abschnitt der Schiffahrtsgeschichte hier im 16.Jahrhundert mit der gewerblichen Nutzung der Wasserkraft durch die Manufakturen, die der Industrie vorausgehen und der Verbindung der Städte auf dem Wasserweg.

Wie auf den meisten Flüssen war auch auf der Fulda zu dieser Zeit der durchgehende Verkehr unmöglich geworden. Mühlwehre versperrten den Schiffen den Weg. An der Fulda war es der Landgraf Moritz von Hessen, der seinen Fluß von Hersfeld bis nach Kassel für den Verkehr öffnen wollte, was ihm auch soweit gelang als er die Hindernisse mit Schiffsgassen versehen ließ.

Um 1750 wurden die Schiffsgassen durch Schleusen ersetzt. Bei einer nutzbaren Länge von 24,40m und einer Breite von 3,80m ermöglichten sie Schiffen bis zu 60 t Tragfähigkeit die Durchfahrt. Ein weiteres Hindernis stellte auf dem Streckenabschnitt unterhalb von Kassel das Stapelrecht der Stadt Münden dar, das seit 1247 bestand und den Mündener Schiffern das alleinige Recht auf die Warenbeförderung nach Kassel zugestand. Dieses Recht - das den Hessischen Landgrafen Carl dazu brachte, Münden über eine Verbindung zwischen der Diemel bei Carlshafen und der Fulda bei Kassel zu umgehen - bestand noch bis 1823.

1866 fiel die Fulda endlich unter die Hoheit des Preußischen Staats, der, was den Ausbau seiner Wasserstraßen betrifft, die treibende Kraft in Deutschland im 19.Jahrhundert darstellt.

Im Zug der Weserregulierung erfolgte zwischen 1893 und 1897 der Ausbau der Strecke nach Kassel, die u.a. die Errichtung von sieben Staustufen (60m x 8,60m) und den Bau eines Hafens in Kassel einschloß.

Oberhalb von Kassel entstand 1913 als Ersatz für die alte eine neue Staustufe. Sie verfügte statt der ansonsten üblichen Nadelwehre über ein Walzenwehr, und ihre Schleusenkammer hatte eine Länge von 85m und eine Breite von 10m.

Neue Pläne kamen erst wieder nach dem 2.Weltkrieg auf den Tisch: die sieben alten Staustufen sollten durch zwei neue für die europäische Großschiffahrt ersetzt werden. Statt der beiden Schleusen von 110m x 12m entstanden aber schließlich neben einer neuen Stadtschleuse in Kassel (85m x 10m) drei kleinere Schleusen bei Wahnhausen, Wilhelmshausen und Bonaforth (35m x 7,50m), die ebenso, wie die Fuldaschleuse in Hannoversch Münden (58m x 8,60m) die regionale Personenschiffahrt und die Sportschiffahrt bedienen.

Net als op de meeste Duitse rivieren gaat ook hier de (schriftelijke overlevering van de) scheepvaart terug tot de Middeleeuwen. Gedurende de 8ste eeuw en de periode erna waren het vooral de kloosters, die hun goederentransport op het water afwikkelden. Evenzo begint de tweede periode van de geschiedenis van de scheepvaart hier in de 16de eeuw met het commercieel gebruik van de waterkracht door de handwerksbedrijven, die vooraf gingen aan de industrie en met de verbinding tussen de steden via de waterweg.

Net als op de meeste rivieren was ook op de Fulda in deze tijd een doorgaand verkeer onmogelijk geworden vanwege de molenkeringen, die de weg versperden. Aan de Fulda was het landgraaf Moritz von Hessen, die zijn rivier van Hersfeld tot aan Kassel voor het verkeer wilde open stellen, wat hem ook gelukte in zoverre hij de hindernissen voorzag van smalle doorgangen voor de schepen.

Rond 1750 werden deze openingen voor schepen vervangen door sluizen. Bij een bruikbare lengte van 24,40m en een breedte van 3,80m maakten zij de doorvaart mogelijk voor schepen met een draagkracht tot 6ot. Een verdere hindernis op het gedeelte beneden Kassel vormde het stapelrecht van de stad Münden, dat bestond sinds 1247 en de schippers uit Münden het alleenrecht op het transport van waren naar Kassel verleende. Dit recht - dat de Hessische landgraaf Carl ertoe bracht Münden te omgaan via een verbinding tussen de Diemel bij Carlshafen en de Fulda bij Kassel - bestond nog tot 1823.

In 1866 viel de Fulda tenslotte onder de soevereiniteit van de Pruisische Staat, die wat de uitbouw van de waterstraten betreft, de drijvende kracht in het Duitsland van de 19de eeuw vormt.

Als gevolg van de regulering van de Weser volgde tussen 1893 en 1897 de uitbouw van het rivergedeelte naar Kassel, dat o.a. de constructie van zeven stuwtrappen (60m x 8,60m) en de bouw van een haven in Kassel omvatte.

Boven Kassel ontstond in 1913 een nieuwe stuwtrap die de oude verving. Ze beschikte in plaats van de gebruikelijke naaldkering over een walzenwehr, en de sluiskamer had een lengte van 85m en een breedte van 10m.

Nieuwe plannen kwamen pas weer ter tafel na de 2de Wereldoorlog: de zeven oude stuwtrappen zouden worden vervangen door twee nieuwe geschikt voor de Europese grote scheepvaart. In plaats van twee sluizen van 110m x 12m ontstond echter uiteindelijk alleen een reeks kleinere sluizen bij Wahnhausen, Wilhelmshausen en Bonaforth (35m x 8,50m) waarvan de dimensies - net als de Fuldasluis in Hannoversch Münden - slechts aan de eisen van de regionale personenscheepvaart en de sportboten voldoen, die tegenwoordig het verkeer op de Fulda uitmaken.